ШХАБ-ын аж ахуйн нэгжийн эздийн комисс нь гишүүн орнуудын аж ахуйн нэгжийн эздээр бүрэлдсэн байна. Түүний гол үүрэг нь гишүүн орнуудын эдийн засаг худалдаа, банк санхүү итгэмжийн зээл, шинжлэх ухаан техник, эрчим хүч, зам харилцаа, холбоо, хөдөө аж ахуйн салбар дахь хамтын ажиллагааны хөгжлийг ахиулах явдал болно.